縣交通運輸局設下列內設機構:
辦公室、法規(guī)科(行政服務科、執(zhí)法監(jiān)督科)、財務審計科、運輸管理科、建設管理科、鐵路科、安全和環(huán)??疲☉鞭k公室)、交通基礎設施應急處置辦公室、機關黨委(黨建辦)、港口管理科。